Il museo si sviluppa su tre livelli, articolandosi in diverse sezioni. Gli ambienti al pianterreno, se si eccettua una stanza in cui sono raccolte e ordinate testimonianze archeologiche relative alla lavorazione della selce, sono dedicati pressoché interamente all'economia agricola e pastorale del territorio garganico, con manufatti relativi alla produzione dei cereali, dell'olio e del vino, all'allevamento di ovini e bovini e alla lavorazione del latte, ma anche ai metodi di cura degli animali, all'apicoltura e alla pratica venatoria. In un'attigua terrazza sono state ricostruite alcune strutture di supporto e di servizio tipiche dell'area garganica: a) una gru idraulica; b) una fornace per la calce, chiamata localmente calichèra; c) una carbonaia; d) un pagliaio. Le esposizioni ospitate al primo piano riguardano il culto riservato a San Michele Arcangelo (pellegrinaggio, statuaria, ex voto, ecc.) e le sezioni dedicate al ciclo della vita umana, alle attività domestiche, ai

mestieri artigianali e alla socialità urbana. Il secondo piano ospita una sala polivalente, con annesso centro di documentazione.