Il Museo ha sede nella Basilica dedicata al Santo ed è articolato in tre sale espositive. La prima sala espone paramenti sacri, abiti, uno stendardo, oggetti di uso quotidiano ed una stampa realizzata su disegno di S.Alfonso. La seconda sala è adibita a cappella ed è dedicata alla Vergine Addolorata. La terza sala è la cella in cui ha vissuto il Santo tra il 1752 ed il 1762: in quella cella è custodito un dipinto che testimonia l'incontro tra San Gerardo e S. Alfonso. Il lungo corridoio che funge da ulteriore sala espositiva conserva un presepe in ceramica di Capodimonte, due statue raffiguranti la Passione di Cristo, una culla col bambinello, un organo in legno, una teca che custodisce alcuni libri e cinque quadri con soggetti sacri eseguiti dal Santo.